就DNA亲子鉴定本身的限制而言，DNA鉴定诚属发现真实的重要方法，但有时亦不免于面临实质上的困难。例如，生母主张受胎期间曾与人. B两名男子发生性关系，因不知从谁受胎所生。A、B虽承认于生母受胎 期间曾与生母发生性关系，但均不愿接受血缘鉴定时，倘认为A，B不;从法院鉴定之命令，法院即得以拟制之方式，认为原告就此部分之主张为真正，则A旦两人均成为生父。再者，A、B若为同卵双生子，即使进行DNA鉴定亲子关系，因两人的基因完全相同，亦产生两人均为生父的结论。殊违生父仅一人的自然律。由是可知，DNA之鉴定固属发现真实的重要方法，但究非唯一①。

再者，从DNA鉴定作为证据方法的限制观之，除了须有必要性与正当性，尚涉及身体完整性及个体信息自我决定的问题。申言之，宪法藉由保障隐私权，维护个人尊严及追求个人幸福，不但消极的禁止他人无端干预个人私领域(自由权);随着信息社会的发达，更积极赋予控制有关自己的信息的权利(信息隐私权)。从而每个人均具有控制自己的信息的权利，享有不受公权力或他人不当的介入、干涉而自律决定的自由。而DNA中的个体信息，包括了个体最核心的私密，若未加以完善的管理，隐 私权有受到严重侵害的危险而有限制的必要。在搜集、保有、利用乃至公开个人信息，而发生有无侵害基本权利时，在目的上，必须是必要不可或缺之不得不有之利益要求，为其基准。至于手段上，必须以达成其目的之必要而最小限度为界限，并以之为要求基准②。是故学者认为法院于命当事人或第三人为DNA鉴定时，须以经证明曾于妻受胎期间内与之有性关系存在为前提，如尚未有显著事证得证明此前提事实，法院似不宜径命当事人或第三人为DNA鉴定。