基因芯片分型技术是20世纪90年代发展起来的一项前沿生物技术，它是将大量靶基因片段有序地、高密度地(点与点间距一般小于500µm)排列在玻璃、硅等载体上，用荧光标记的PCR产物与之进行杂交，结果扫描后经计算机分析获取数据，是一种快速、高效、高通量分析生物信息的工具。事实上，上面提到的反相PCR-SSOP技术，已经显露了基因芯片的雏形。基因芯片技术用于已知SNP的分型，具有其他方法无法比拟的优点，因而受到了广泛的重视。基因芯片在几平方毫米的面积上玎以固定几百个分型探针，与PCR-SSOP方法所用的膜和酶标板比较起来具有缩微化的优势，同时它还具有其他优点。首先，它只需要一张芯片、一次PCR、一次杂交，就可以对一个或多个样本进行SNP位点的基因分型，即具有高通量和平行化的特点。其次，它的杂交、洗脱过程非常简单，即使并不擅长分子生物学技术也很容易学会，杂交结果用扫描仪直接扫描，非常直观。再次，由于固定在芯片上的探针量和PCR所用的样本量很小，并且芯片可以实现单片多人份，所以成本较低。最后，基因芯的许多操作均为机器化流水作业，自动化程度较高，这些优点均会促使基因芯片舟里萎术的广泛应用。但是，基因芯片毕竟是一种新的技术，它也有不足之处，如何提高芯片的稳定性
定性和固定率是芯片研究者必须攻克的难题。

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